Tra gli organi della SIE ci sono il Consiglio di Presidenza, il Collegio dei Probiviri e il Collegio dei Revisori.

La Società può articolarsi in Commissioni nominate dal Consiglio di Presidenza di cui possono essere membri tutti i soci, al fine di perseguire con continuità i fini statutari.

Presso la SIE è costituita la Consulta delle Associazioni Scientifiche di ambito economico che raggruppa 21 Associazioni.